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L’origine dell’Hung Kyun, come per la maggior parte delle altre arti marziali cinesi, è avvolta nel mistero. 

La storia dello stile, specialmente prima della comparsa del maestro Wong Fei Hung è piena di leggende, miti e contraddizioni, senza prove storiche che possono comprovarne la reale validità. Ciò è dovuto soprattutto alla trasmissione orale delle vicende storiche, che avveniva di generazione in generazione, da maestro ad allievo senza alcuna documentazione scritta. Tale pratica ha portato alla creazione di diverse versioni di ogni storia, spesso tra loro discordanti. 

La versione ampiamente più accreditata afferma che lo stile venne creato nel corso del 1700 nel sud della Cina, alcuni sostengono tra il 1770 e il 1800. L’Hung Kyun in questa versione nasce nel tempio Naam Siulam (Siulam del sud 南少林) nella regione del Fukgin (福建) nella Cina meridionale. 

Secondo le leggende, la pratica dello stile Hung Kyun inizia con il monaco Siulam, Ji Sin Sim Si (Il venerabile maestro estremamente buono 至善禪師).

Nel Maan Nin Ching (Diecimila anni dei Ching 萬年青), una famosa novella del 1893 circa, viene fatto il nome di Ji Sin Sim Si e del creatore dello stile: Hung Hei Gun (洪熙官). Per quanto riguarada la figura di Hung Hei Gun sembra certo che si tratti di una persona realmente esistita. Negli archivi del Fukgin è menzionata una persona con il suo nome che era un ribelle e che uccise un uomo con un pugno. 

La figura di Ji Sin Sim Si invece è avvolta dal mistero. Si racconta che visse in un periodo pieno di turbolenze e di conflitti, quando la Cina si trovava sotto il dominio della dinastia Ching (清). 
In quegli anni sorsero numerose sette anti Ching che auspicavano il ritorno della dinastia precedente, che era stata cacciata: i Ming (明). 
In questo periodo Hung Hei Gun, un giovane mercante di tè, si rifugiò presso il tempio Siulam del sud per nascondersi da alcuni funzionari Manchù. La leggenda narra che fu addestrato dall’abate del tempio, Ji Sin Sim Si e che divenne uno dei discepoli più bravi del Naam Siulam. Hung Hei Gun odiava i Ching, e passò la maggior parte della sua vita combattendo per ripristinare i Ming. Il vero nome di Hung era Jyu (朱), ma poiché egli era il ribelle più ricercato del suo tempo, cambiò il suo nome in Hung per nascondere la sua vera identità. Scelse il nome di Hung come tributo al primo imperatore Ming, Hungmou (洪武).
Il governo Ching era ben consapevole di ciò che stava accadendo al tempio Siulam del sud, e si sentì minacciato dal tempio stesso e dalle sue attività. Così decise di inviare le truppe imperiali per distruggere il tempio e uccidere tutti i monaci e i ribelli. I monaci erano in netta minoranza e pur opponendosi strenuamente, persero la battaglia e il tempio venne bruciato. 
Hung Hei Gun e Ji Sin Sim Si riuscirono a salvarsi e a fuggire nella parte meridionale della Cina. 
Gli uomini scappati alla distruzione del tempio giurarono di diffondere l'arte di Siulam e di lottare per Faan Ching Fuk Ming (Rovesciare i Ching e ristabilire i Ming 反清復明).
La storia della distruzione del tempio Siulam è narrata nell’introduzione del libro sull Gung Ji Fuk Fu Kyun scritta da Jyu Yu Jai (朱愚齋). SI racconta infatti che durante la dinastia Ching, sotto il regno dell’imperatore Yung Jing (Pinyin: Yong Zheng 雍正, regnò dal 27 dicembre 1722 all’8 ottobre 1735), l’armata giapponese occupò Taiwan. Le autorità Ching, per riappropriarsi dei centri abitati, mobilitarono tutti i funzionari civili e militari, ma questi non riuscirono a riprendere il controllo di Taiwan e furono ripetutamente respinti. La corte Ching si rivolse al tempio Siulam del Fukgin, il quale mandò un suo contingente che sconfisse l’armata giapponese, tanto che questa dovette abbandonare Taiwan. Le autorità locali, felici per la vittoria, offrirono ai monaci un titolo feudale, che essi però lo rifiutarono. Così come riconoscimento dei servigi svolti gli venne concesso lo sfruttamento di alcune risaie. Le autorità rendendosi conto che all’interno del monastero c’erano elementi troppo pericolosi, temendo la forza dei monaci e la nascita di sentimenti antidinastici si allarmarono. Per questo escogitarono un piano per distruggere il tempio. Mandarono in dono cereali e riso, nascondendo nei contenitori delle derrate alimentari alcune soldati. Entrati all’interno del tempio con questo trucco, gli infiltrati appiccarono il fuoco. Il tempio così venne distrutto, ma alcuni monaci riuscirono a scappare e si sparsero per la Cina. Uno di loro, Ji Sin Sim Si si rifugiò nel Gwongdung stabilendosi a Gwongjau nel tempio di Hoitong (海幢), dove cominciò a insegnare il Kung Fu del tempio Siulam. II suo discepolo Luk A Choi (陸阿采) si distinse per la particolare abilità e ricevette anche tutti gli insegnamenti segreti. 
Alcuni uomini scappati dalla distruzione del tempio Siulam del sud crearono i Gwongdung Ng Daai Ming Kyun (I cinque più famosi stili del Gwongdung 廣東五大名拳):
· Hung Kyun creato da Hung Hei Gun. 
· Lau Ga (劉家) creato da Lau Saam Ngan (劉三眼).
· Choi Ga (蔡家) creato da Choi Gau Yi (蔡九儀).
· Lei Ga (李家) creato da Lei Yau Saan (李友山).
· Mok Ga (莫家) creato da Mok Ching Giu (莫清矯).
I ribelli anti Ching crearono molte associazione sovversive tra cui: Tin Dei Wui (La società cielo e terra 天地會), Hung Mun (Cancello di Hung o Grande cancello洪門). Queste operarono nel Gwongdung e nel Fukgin. Hung Kyun e Hung Mun condividono la stessa storia e probabilmente ci furono numerose relazioni tra i praticanti dello stile e i membri dell’associazione. Anche molte tecniche e segnali segreti dello stile Hung Kyun si rifanno alla tradizione dell’Hung Mun. Alcuni sostengono che lo stesso nome Hung Kyun derivi proprio dall’Hung Mun.
Durante il periodo rivoluzionario Hung Hei Gun e i ribelli pro Ming si rifugiarono sulle giunche rosse e radunarono soldati in tutta la Cina del sud, fino a formare il gruppo dei ribelli dell’opera della Hung Syun Hei Baan (La compagnia teatrale delle giunca rossa 紅船戲班). 
Hung Hei Gun insegnò la sua arte nel Daai Fat Ji (Il tempio del grande Buddha 大佛寺) nel Gwongdung nella Cina meridionale. Egli era un esperto dello stile della tigre e conosceva la forma Gung Ji Fuk Fu Kyun (工字伏虎拳) trasmessagli da Ji Sin Sim Si. In seguito creò una scuola nella città di Fa nel Gwongdung. Sposò Fong Wing Cheun (方詠春), un’esperta praticante dello stile della gru bianca. Dall’unione delle conoscenze di Hung con quelle della moglie nacque la parte centrale della forma più famosa dello stile: Fu Hok Seung Ying Kyun (虎鶴雙形拳).
Chiamò il suo stile Hung Kyun, principalmente per nascondere la connessione con Siulam ai Manchù. I nomi Hung Ga e Hung Kyun perciò iniziarono ad essere usati solo dopo la distruzione del tempio, per nascondere ogni eventuale connessione dello stile con il tempio stesso, mentre prima esisteva solo il termine Naam Siulam. Alcuni identificano con il nome Hung Kyun le arti marziali Hon (Pinyin: Han 漢) del sud della Cina del tardo periodo Ming proprie dei ribelli pro-Ming che lottavano contro l’impero Ching. Se infatti dal carattere 漢, si rimuovono i grafemi che 中土 (Jung Tou ovvero le terre centrali che furono la culla culturale del popolo Hon), dal lato destro del carattere, si ottiene il carattere 洪. 
Ji Sin Sim Si mandò Lok A Choi ad aiutare il fratello di Kung Fu, Hung Hei Gun nella sua nuova scuola, che era già diventata una delle più famose di tutto il sud della Cina. Così Hung Hei Gun passò tutte le sue conoscenze a Luk A Choi.
A sua volta questi trasmise il suo sapere a Wong Taai (黃泰) che passò gli insegnamenti al figlio Wong Kei Ying (黃麒英) il quale a sua volte li trasmise al figlio Wong Fei Hung (黃飛鴻) che ne fu divenne cosi I'erede di terza generazione. 
Wong Fei Hung diede un apporto fondamentale all’evoluzione dello stile, divenendo il padre dell’Hung Kyun moderno. Inserì nel programma numerose forme, tra cui la Tit Sin Kyun (鐵線拳), appresa dal maestro Lam Fuk Sing (林福成), che era stato tra i migliori allievi del maestro Tit Kiu Saam (鐵橋三). Sviluppò, ampliandola, la forma Fu Hok Seung Ying Kyun. Fondò la scuola di Hung Kyun, nonchè clinica medica, Bou Ji Lam (La foresta del prezioso iris 寶芝林). Divenne famoso per Mou Si (La danza del leone 舞獅) ricevendo l’appellativo di "Re dei leoni" e viene ricordato come un ineguagliabile guerriero sempre schierato dalla parte dei bisognosi. 
Il più famoso allievo di Wong Fei Hung fu il maestro Lam Sai Wing (林世榮). Eccezionale maestro e combattente, cercò sempre di diffondere lo stile insegnandolo apertamente in pubblico. Grazie a lui si deve la pubblicazione dei tre libri sulle tre forme: Gung Ji Fuk Fu Kyun, Fu Hok Seung Ying Kyun e Tit Sin Kyun. Per la prima volta infatti vennero pubblicati dei libri sullo stile Hung Kyun.

Si dice che Lam Sai Wing e i maestri prima di lui parlando del loro stile non usassero i termini Hung Ga o Hung Kyun bensì Mou Seut (Arte della guerra o arte marziale) 武術) o di Kyun Seut (Arte del pugno o arte pugilistica 拳術). 
Si tornò ad usare i termini Hung Ga o Hung Kyun recentemente, molto probabilmente per non confonderlo con il Naam Kyun del Wu Shu moderno.